
Le jeu commence directement au Chapitre 1 ! Vous vous réveillez prés d'une cascade. Vous êtes amnésique et vous ne vous rappelez plus de rien juste de votre nom et du fait que vous étiez un humain. Vous avez terriblement soif, vous allez donc vous désaltérer dans la magnifique cascade que vous avez vu. Mais le reflet dans l'eau vous fait peur ! Vous vous êtes transformés en Pokémon !

Trois pokémon arrivent, ce sont des Neitrams, ceux-ci vous attaquent sans aucune raison apparente ! Ils s'enfuient et Pilfeuil arrive. Il vous parle. Vous êtes choqués, vous ne comprenez pas pourquoi un pokémon parle et vous faites enfin le lien : vous êtes un Pokémon ! Les Neitrams reviennent et vous attaquent Pilfeuil et vous ! Pris de panique vous vous enfuyez jusqu'à l'entrée d'un "Donjon Mystère"
Vous rentrez dans le donjon mystère nommé : Le Col de la découverte ! Ceci sera un tutoriel pour vous apprendre les bases d'un donjon mystère. Tout d'abord Pilfeuil vous explique qu'un donjon mystère change tout le temps et que si vous y retournez plus tard, il sera différent de la première fois et ainsi de suite ! Il vous explique qu'il y a des pokémon à l'intérieur qui peuvent vous attaquer ! Vous devez trouver les escaliers pour pouvoir changer d'étage et avancer dans les donjons. Pilfeuil vous emmène donc et vous tombez nez à nez avec un pokémon endormi, Pilfeuil vous explique donc ce qu'il faut faire et comment attaquer. Il le tue et vous continuez à avancer jusqu'à rencontrer un autre pokémon endormi. Il vous explique donc les touches, pour utiliser vos capacités vous devrez rester appuyer sur L et choisir votre capacité entre le A, B, X ou Y !

Il vous explique que quand vous utilisez une attaque, il y a des PP et que ceux ci baissent, une fois que vos PP sont à 0, vous ne pourrez plus utiliser la capacités et dans ce cas, vous pouvez utiliser juste votre bouton A pour attaquer normalement, mais c'est une attaque faible qui enlève très peu de PV. Il vous explique aussi que parfois dans les donjons, vous trouverez des objets par terre et que vous pouvez les ramasser en marchant dessus ! Vous continuez d'avancer dans le donjon jusqu'à trouver la sortie. Vous pensez être sauvés mais en faites pas du tout ! Les Neitrams vous rattrapent et vous courrez dans un deuxième donjon mystère : La forêt verdoyante.
Pilfeuil et vous continuaient à avancer dans le donjon, il vous explique comment avancer rapidement en restant appuyer sur B et de vous diriger avec le stick, et vous explique aussi comment dépasser votre partenaire (appuyer B enfoncé et déplacer vous avec la croix). N'hésitez pas à utiliser la technique de dépassement ! Sinon vous pousserez votre partenaire et cela augmentera votre faim ! La faim est un paramètre important et augmente rapidement dans ce jeu. Vous continuez à suivre le tutoriel et à avancer dans le jeu.
Une fois sorti du donjon, les Neitrams ont été semés, Pilfeuil va rentrer chez lui et s'en va avant de faire demi tour pour venir vous chercher, ben oui, vous êtes amnésiques et un ancien humain, vous n'avez pas de maison.... Il vous propose donc de venir chez lui ! Acceptez ! Et votre voyage commencera ! Pilfeuil va donc vous emmener dans son village nommé Bourg Tranquille ! Et c'est là que le chapitre 1 s’achève.