Après les niveaux normaux de Pokémon Shuffle, vous pouvez débloquer des niveaux EX. Ces niveaux sont spéciaux. En effet, cette fois-ci cela ne se joue pas au nombre de coups mais au temps. Vous avez un certain temps pour mettre KO le Pokémon et espérer le capturer. Vous n'avez pas besoin d'attendre qu'une chaine se termine, vous pouvez enchainer directement une nouvelle chaine pendant que la première tombe ! Le but est de mettre KO le Pokémon dans un temps record.
Les niveaux EX se débloquent suivant le nombre de rang S que vous avez obtenu dans les niveaux normaux. Il faut donc essayer d'obtenir le rang S à chaque niveau en plus de la capture.
| Numéro du stage | Image | Type | Contraintes | Ratio de Capture |
| EX 1 | ![]() |
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1 Minute Avoir 12 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 2 | |
|
1 minute Avoir 12 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 3 | ![]() |
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2 minutes Avoir 12 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 4 | ![]() |
|
2 minutes Avoir 20 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 5 | |
|
30 secondes Avoir 25 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 6 | |
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1 minute Avoir 30 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 7 | ![]() |
|
1 minute Avoir 35 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 8 | |
![]() |
1 minute 30 secondes Avoir 40 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 9 | ![]() |
![]() |
1 minute Avoir 45 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 10 | |
|
2 minutes Avoir 50 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 11 | |
![]() |
1 minute Avoir 55 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 12 | |
|
30 secondes Avoir 60 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 13 | |
|
1 minute Avoir 65 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 14 | ![]() |
![]() |
15 secondes Avoir 70 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 15 | ![]() |
![]() |
15 secondes Avoir 75 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 16 | ![]() |
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15 secondes Avoir 85 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 17 | ![]() |
![]() |
2 minutes Avoir 95 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 18 | ![]() |
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1 minute Avoir 100 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 19 | ![]() |
![]() |
1 minute Avoir 110 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 20 | ![]() |
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2 minutes Avoir 150 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 21 | ![]() |
![]() |
1 minute 30 secondes Avoir 180 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 22 | ![]() |
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1 minute 30 secondes Avoir 191 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 23 | ![]() |
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1 minute Avoir 195 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 24 | ![]() |
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1 minute Avoir 200 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 25 | ![]() |
![]() |
1 minute Avoir 215 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 26 | ![]() |
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30 secondes Avoir 215 niveaux normaux en rang S |
1% |
| EX 27 | ![]() |
![]() |
1 minute 30 secondes Avoir 220 niveaux normaux en rang S |
1% |